El edificio que aloja el “Museo de las Aves de México” fue inicialmente, a mediados del Siglo XIX, un predio baldío propiedad de Don Juan Nepomuceno Arizpe, quien mandó construir en él una capilla rústica y dos estancias aledañas para que sirviesen de hospicio a niños menesterosos atendidos por los sacerdotes Pedro Quintín de Arizpe y Rafael Trinidad Ramos Arizpe. En septiembre de 1878, dichas instalaciones fueron asignadas a los padres Jesuitas llegados a la ciudad bajo la rectoría del Reverendo Ignacio Velazco, S.J.

A partir de entonces, dicha comunidad de maestros Jesuitas amplió las construcciones, transformando la antigua Capilla en el actual Templo de San Juan Nepomuceno y, adyacente a él, en su costado sur, un edificio para dar cabida al Colegio de San Juan, mismo que fue adquiriendo creciente prestigio hasta llegar a ser uno de los centros educativos más afamados de la República.

Pronto surgió la necesidad de construir más espacios académicos en él. Frente al espacioso jardín, que es el que se encuentra en la actualidad, edificaron las áreas de recepción y dirección, al lado oriente las aulas y el museo de historia natural – precisamente donde se habilitaron las salas de exposición del Museo de las Aves – al fondo el comedor y los dormitorios, y del lado poniente, donde se encuentra hoy el auditorio, una hermosa capilla dedicada al Sagrado Corazón. Es curioso hacer notar que de acuerdo a testimonios fotográficos, la palmera que se yergue en el patio es la que originalmente plantaron los maestros jesuitas el siglo pasado.

Por las aulas de este colegio pasaron alumnos que llegarían a ser personajes de mucha relevancia en México: Francisco I. Madero, los hermanos Alessio Robles, Carlos Pereyra, etcétera.

El año de 1915 las tropas revolucionarias tomaron el Colegio, devastando sus instalaciones y destruyendo las áreas del internado y la capilla. Posteriormente, en 1931, el edificio pasó a ser propiedad federal, ocupándolo el batallón militar destacamentado en esta región y luego, a partir de los años cincuentas, fue sede sucesivamente del Congreso del Estado, la Policía Federal de Caminos, la Secretaría de Agricultura y otras dependencias federales y estatales, deteriorándose cada vez más las diversas instancias de la construcción.

El año de 1992 el Gobierno del Estado determinó reconstruir y adaptar este edificio en su totalidad para alojar en él el “Museo de las Aves de México” cedido a la ciudad, al Estado y a México por don Aldegundo Garza de León, quien lo formó tras cuarenta y dos años de arduos empeños como ornitólogo.

Este edificio del antiguo Colegio de San Juan vuelve así a cobrar vida y su indeclinable vocación a la cultura y a la enseñanza de las generaciones presentes y del provenir.