Ubicada en la calle Ayuntamiento #29, se ha transformado varias veces en consecuencia de varios sismos que comprometieron gran parte de su estructura.
Abrió sus puertas en el año de 1769, gracias al trabajo y esfuerzo del señor Diego Álvarez, conocido como el primer párroco que estuvo a cargo del lugar.
El 19 de junio de 1858, un fuerte sismo le produjo al lugar serios daños, provocando un probema estructural en casi todo el edificio, como resultado, el templo fue remodelado, lo que significó una modificación sustancial del diseño original. Estas labores de remodelación duraron casi tres años.
Terminados los trabajos, reabrió sus puertas al culto religioso, el diseño fue complementado con algunos retablos traídos de San Francisco, los cuales permanecieron en el lugar durante años, hasta que fueron sustituidos por piezas más recientes, piezas decorativas que se pueden admirar hoy en día. De igual manera que estos elementos, el atrio sufrió transformaciones con el paso del tiempo, esto como consecuencia de las obras de ampliación del tercer tramo de la calle de Ayuntamiento.
Finalmente, y a pesar de todas las modificaciones sufridas con el pasar de los años, la Basílica de San José, llama a la vista, y aquellos que se detienen unos momentos para verla se encuentran con un edificio con estructura estilo renacentista; por otro lado, en el lado izquierdo se encuentra la capilla de Nuestra Señora de la Luz, edificio anexo que fue erigido en 1859, y cuya arquitectura engalana todo a su alrededor.
